Arborele de cafea a fost descoperit în secolul al XI-lea în Etiopia. O legendă care stă la baza acestei descoperiri vorbește despre cum Kaldi, un păstor din ținuturile muntoase etiopiene, și-a găsit într-o zi caprele euforice și prea agitate pentru a putea dormi noaptea. Dându-și seama că ar putea fi vina boabelor pârguite, Kaldi duce câteva starețului de la mânăstirea locală. Acesta face o infuzie din ele care avea să îl țină treaz toată noaptea. Dând vestea mai departe, cafeaua începe să fie preparată și de călugării de la alte mânăstiri.
Pe atunci, cafeaua se obținea prin fierberea boabelor crude, iar despre infuzie se credea că ar avea proprietăți medicinale. În alte părți din Africa, boabele de cafea erau amestecate cu grăsimea de la animale și se obțineau în felul acesta batoane bogate în proteine, iar din pulpa boabelor rămase se făcea o licoare precum vinul.
Nu se știe cât de mult adevăr conține legenda păstorului Kaldi (alte descoperiri sugerează că arborii ar fi apărut în platoul central etiopian), însă cert este că în curând efectul boabelor de cafea se va răspândi în întreaga Peninsulă Arabică, iar de aici în toată lumea.
Se crede că un călugăr musulman sufit, după ce a locuit o perioadă la curtea sultanului Etiopiei de Sud, Sadaddin II, s-a întors în Yemen cu secretele cafelei, pe care le-a împărtășit ordinului de sufiști Shadhili (practicanți ai misticismului islamic) din care făcea parte. Aceștia văd în cafea o modalitate de concentrare și stimulare spirituală în timpul ritualului de rugăciune, iar prin intermediul acestora cafeaua se va răspândi în toată lumea islamică și va căpăta denumirea de qahveh, termen care înainte era folosit pentru vin (mai târziu, europenii se vor referi la cafeaua arabă ca la „vinul Islamului”).
Din Yemen, cafeaua începe să fie exportată, în special prin portul Mocha, care devenise o importantă piață pentru cafea între secolele XV – XVII.
Arabii sunt primii care încep să cultive arbori de cafea și să comercializeze băutura. În scurt timp, apar locuri publice special amenajate pentru servitul cafelei (qahveh khaneh), în care oamenii se adunau, nu doar pentru cafea și conversație, ci și pentru a asculta muzică, a juca șah și table și a dezbate ultimele noutăți ale zilei (astfel de locuri ajung să fie numite „școli ale înțelepților”). Întrucât erau la fel de vizitate precum moscheile, s-a încercat interzicerea utilizării cafelei, pe care autoritățile religioase încercau să o asemuiască cu alcoolul. Toate eforturile au fost zadarnice.
Totuși, în această perioadă cafeaua continuă să fie preparată după modelul etiopian. În 1555, Özdemir Pasha, guvernatorul Yemenului, introduce cafeaua la curtea sultanului Soliman Magnificul, în Istambul. La palatul sultanului, o nouă metodă de a prepara cafeaua (kahve) este inventată: boabele sunt prăjite la foc mocnit, iar apoi sunt fierte pe cărbuni încinși. Cafeaua capătă în felul acesta o aromă mai puternică și devine foarte populară, atât la curtea palatului, cât și în întreg Imperiul Otoman.
Licoarea devenise atât de însemnată, încât sultanul avea propriul maestru în prepararea cafelei (kahvecibaşı), pe care îl alegea în funcție de cât de loial și discret era. De la curtea palatului, cafeaua ajunge în casele oamenilor obișnuiți. Aceștia prăjeau boabele de cafea în tigăi, apoi le măcinau în piua și le fierbeau în ibrice (cezve).
Cafeaua a fost interzisă pentru o scurtă perioadă de timp în vremea stăpânirii sultanului Mural al IV-lea, când cei care erau prinși bând cafea erau fie bătuți, fie condamnați la moarte, fiind închiși într-o geantă de piele și aruncați în apele Bosforului.
În Europa, cafeaua a fost adusă pe două rute: de-a lungul Mediteranei, adusă de trupele turcești, în timp ce acestea mărșăluiau spre Dunăre, către Viena. De asemenea, Compania Britanică a Indiilor de Est (una dintre primele societăți comerciale, înființate pentru a face comerț în Indiile de Est) și apoi cea olandeză erau mari cumpărători de cafea din portul Mocha, la începutul secolului al XVII-lea.
În 1615, negustorii italieni aduc pentru prima dată cafeaua (caffè) în Veneția. Controversele nu încetează să apară, în special din cauza opoziției clerului, care considera lichidul ca fiind „o invenție amară a lui Satan” și cer interzicerea „băuturii musulmane”. Înainte de a se lua o decizie, s-a apelat la intervenția papei Clement al VIII-lea, care, după ce o gustă, își dă aprobarea.
Treptat, boabele de cafea sunt introduse în majoritatea principalelor orașe europene, iar de acolo în restul zonelor. În Franța ajunge în 1657, în 1675 ajunge în Germania, iar de aici se extinde în întreaga regiune scandinavă. În Austria și Polonia, consumul de cafea se popularizează după 1683, când trupele otomane se retrag și lasă în urmă provizii de cafea. Prin intermediul comercianților, cafeaua ajunge și în Marea Britanie, însă consumul de cafea avea să scadă în secolul al XVIII-lea, făcând loc consumului de ceai.
Spre deosebire de majoritatea europenilor, olandezii erau mai degrabă interesați de cultivarea arborilor de cafea și de comerțul cu aceasta. În ultima jumătate a secolului al XV-lea, aceștia dobândesc monopolul deținut până atunci de arabi, după ce reușesc să cultive cu succes cafea (koffie) în colonii, în Batavia, Indonezia de astăzi, extinzându-se apoi în insulele Sulawesi și Sumatra. În 1711, boabele de cafea încep să fie vândute peste tot în Amsterdam.
În Europa însă, producția de cafea continuă să rămână săracă, motivul fiind climatul rece european. În 1714, primarul Amsterdamului îi dăruiește regelui Filip al XIV-lea al Franței un arbust de cafea. Regele ordonă ca arbustul să fie plantat în Grădina Botanică Regală din Paris, într-o seră. Arbustul supraviețuiește, iar ofițerul de marină Gabriel Mathieu de Clieu obține un răsad pe care îl transportă în insula Martinica, în 1723. Planta a prosperat, astfel că în următorii 50 de ani au fost cultivați peste 19 milioane de arbuști în insulele Caraibe și America Centrală și de Sud.
Brazilia este în prezent cel mai mare producător de cafea. Se spune că primele boabe de cafea au ajuns aici în mâinile lui Francisco de Mello Palheta, care în 1727 fusese în Guyana Franceză pentru a face rost de boabe. Francezii nu au vrut să îi dea, însă șarmul acestuia a cucerit-o pe soția guvernatorului francez care, oferindu-i un buchet de flori, i-a pus într-un săculeț și câteva boabe de cafea.