Inchiziția catolică a avut rolul, încă de la început, de a descoperi erezia și de a o pedepsi. Cuvântul inchiziție provine din latinescul inquirio care înseamnă a ancheta, investiga, cerceta. Primii care s-au ocupat de conducerea unor asemenea anchete au fost episcopii.
Necesitatea creării unui tribunal care să aibă în vedere anchetarea credințelor eretice ce se dezvoltau în sânul creștinismului apare în secolul al XIII-lea. Primul tribunal de acest gen se va înființa la cererea papei Grigorie al IX-lea, în anul 1233 și va purta numele de Inquisitio hereticae pravitatis.
Dacă până atunci Biserica se ghida dupa principiul fides suadenda, non impodenda (credința trebuie persuadată dar nu impusă) și cea mai gravă pedeapsă pentru cei care nu se mai ghidau după principiile Bisericii era excomunicarea, secolul al XIII-lea este marcat de aparitia a numeroase secte și culte în interiorul religiei creștine, fapt care îi determină pe conducătorii acesteia să ia pentru prima dată măsuri severe împotriva lor.
Scopul tribunalului organizat de Grigorie al IX-lea era de a-i găsi și condamna pe catari (comunitate religioasă care avea la bază o doctrină ascetică, considera lumea vizibilă ca fiind opera Diavolului și depunea la intrarea în cult jurământ de castitate). Secta a devenit foarte populară în sudul Franței și a căpătat din ce în ce mai multă amploare. Primele sancțiuni împotriva catarilor fuseseră aplicate încă de la finalul secolului al XI-lea, dar acestea nu fuseseră eficiente. În cadrul proceselor Inchiziției, ereticii erau aspru pedepsiți dacă nu renunțau la principiile teologice după care se ghidau. Pedepsele cel mai des aplicate erau arderea pe rug sau exilarea (dacă aceștia arătau urme de căință).
Inchiziția avea un dublu rol: ea funcționa atât ca tribunal, cât și ca poliție. După anul 1234, urmărirea și anchetarea ereziilor este preluată de călugării franciscani și dominicani. În întreaga Europă catolică se vor deplasa asemenea reprezentanți care aveau sarcina de a-i găsi pe eretici și de a-i pedepsi pentru a-i face să se întoarcă la dreapta credință.
Inchizitorul era ales în funcție de câteva criterii: în primul rând trebuia sa aibă minimum 40 de ani, să fie bine instruit într-ale teologiei, să aibă moravuri pure și să dea dovadă că este o persoană care nu se pierde ușor cu firea.
Ancheta inchizitorului se desfășura în felul următor: ajuns în locul unde se credea că se stabiliseră ereticii, el publica un edict de credință, în care îi ruga pe credincioși să îi denunțe pe eretici sub amenințarea pedepsei cu excomunicarea și un alt edict de grațiere, prin care cerea ereticilor să se recunoască vinovați de bunăvoie și să primească, astfel, iertarea. De cele mai multe ori, știind că pedeapsa aplicată persoanelor care se făceau vinovate de erezie era arderea pe rug, metoda folosită dădea roade. Ereticii care se predau de bunăvoie și erau dispuși să se căiască erau trimiși în pelerinaj la locuri sfinte, li se dădea în grijă o persoană săracă, iar în cadrul liturghiei stăteau izolați într-un colț, desculți, și țineau o lumânare aprinsă în mână. Deseori purtau haine cu însemne care îi identificau ca fiind eretici.
Pe parcursul cercetărilor, inchizitorul avea datoria să alcătuiască un dosar al anchetei desfășurate, ce urma a fi folosit la proces. Procesul avea loc de obicei într-o sesiune publică. În cadrul acestora acuzatul putea face recurs, avea un apărător și putea aduce martori care să îi susțină spusele. Dacă acuzatul era găsit vinovat, se trecea la aplicarea sentinței pronunțată de un tribunal secular.
Deseori acuzații erau supuși la tratamente dure, de exemplu, erau ținuți închiși în timpul procesului fără a avea apă sau mâncare (doar în cantități mici). Practica torturii, însă, va fi autorizată în anul 1252 prin bula dată de papa Inocențiu al IV-lea. Conform acestui act, ea trebuia folosită numai în anumite limite și circumstanțe: trebuiau să existe măcar două indicii clare de erezie, iar informațiile obținute sub tortură trebuiau reînnoite după ce aceasta înceta. Era interzis ca practicile folosite să provoace mutilări sau să ducă la moartea persoanei. Practica torturii a transformat Inchiziția într-una dintre cele mai detestate si disprețuite instituții ale Evului Mediu. Începând cu secolul al XIV-lea, puterea și atribuțiile Inchiziției sunt reduse din ordinul papei, acesta hotărând ca sarcina de a-i condamna pe eretici să rămână tribunalelor civile.
Revitalizarea puterilor Inchiziției va avea loc la începutul secolului al XVI-lea, odată cu apariția protestantismului care amenința unitatea Bisericii. În timpul Conciliului de la Trento aceasta se reorganizează sub numele de Sfântul Oficiu. Spre deosebire de Inchiziția Evului Mediu, organismul nou format se va ocupa mai ales de redactarea unui Index al cărților interzise și de cenzurarea cărților religioase.
Un caz particular de Inchiziție va avea loc în Spania. Ea va fi fondată la mijlocul secolului al XV-lea de regii Spaniei (Ferdinand al V-lea și Izabela Catolica) și va fi direct subordonată acestora și nu Sfântului Scaun, cu toate că Biserica va încuviința înființarea ei. Actiunile acestei instituții a statului se vor indrepta mai ales spre minoritățile evreiești și musulmane din Spania, urmărindu-se un proces de epurare și alungare a acestora de pe teritoriul Spaniei. Primul inchizitor, Thomas de Torquemada, va arde pe rug aproximativ 2000 de persoane. Datorită puterii și influenței de care Inchiziția se bucură, precum și a prigonirii neîncetate a celor care erau considerați eretici, acuzați că practică vrăjitoria sau fac farmece, adică a unei misiuni neobosite de a impune catolicismul în defavoarea altor credințe, Spania va rămâne preponderent catolică chiar și în contextul reformator al veacului al XVI-lea.
Inchiziția spaniolă va subzista până la începutul secolului al XVIII-lea și va rămâne în tot acest timp o institutie de prim rang. Se estimează că în cele trei secole de activitate au fost condamnați la moarte din ordinul inchizitorilor 30000 de persoane.
Crimele Inchiziției spaniole și ale Inchiziției medievale nu au fost niciodată condamnate oficial de către Biserică.
Inchiziția, ca instituție a Bisericii Catolice, chiar dacă puțin activă, va exista până la începutul secolului al XX-lea, când va fi abolită, în anul 1908, de către Pius al X-lea.
