Începuturile Muzeului datează din 1924, din timpul episcopului Nicolae Ivan, dar abia în 1938 Muzeul Eparhial se deschide pentru public în câteva săli de la etajul doi al reşedinţei episcopale. Colecţiile cuprindeau obiecte de cult, icoane, tipărituri şi manuscrise, documente privind istoria bisericii. O reorganizare după criterii moderne a muzeului a avut loc în 1975, când muzeul a fost redeschis pentru public în acelaşi loc.
Patrimoniul muzeului a fost îmbogăţit cu numeroase icoane, vechi tipărituri, documente şi obiecte de cult, în prezent fiind una dintre cele mai importante colecţii de artă veche românească din ţară.
Marele teolog şi cărturar, Mitropolitul Bartolomeu a iniţiat amenajarea spaţiului din demisolul Catedralei, în care s-a prevăzut organizarea expoziţiei permanente a Muzeului Mitropolitan.
Muzeul Mitropoliei Clujului a fost reorganizat în cursul anului 2011, după o concepţie muzeografică ştiinţifică şi modernă, sub coordonarea Academicianului Marius Porumb, fiind o instituţie ce tezaurizează valori inestimabile ale istoriei naţionale, ale vieţii religioase ale românilor transilvăneni, un patrimoniu cultural artistic ce cuprinde vechi icoane pictate pe lemn şi sticlă, obiecte de cult, manuscrise şi carte veche românescă, obiecte şi documente legate de istoria Eparhiei Clujului.
Patrimoniul Muzeului Mitropoliei Clujului cuprinde un număr mare de icoane pictate pe lemn şi sticlă, obiecte de cult, potire, manuscrise liturgice din secolele XV-XIX şi tipărituri din secolele XVII-XIX, ce provin din diferite centre tipografice româneşti, demonstrând o continuă circulaţie a cărţii de o parte şi de alta a Carpaţilor, contribuind hotărâtor la unitatea limbii în întreg spaţiul locuit de români.
Dominată de statuia lui Ştefan cel Mare şi Sfânt, ctitor şi protector al ierarhilor ortodocşi de la Vad şi Feleac, prima sală a muzeului este dedicată personalităţii marilor ierarhi ai Eparhiei Ortodoxe Române a Clujului: Episcopul Nicolae Ivan (1921-1936), întemeitorul şi ctitorul Catedralei, Episcopul Nicolae Colan (1936-1957), un luptător în vremuri de restrişte, un apărător şi păstor adevărat al turmei sale, devenit Mitropolit al Ardealului, bunul Arhiepiscop Teofil Herineanu (1957-1992), un om ce s-a ridicat deasupra vremurilor sale prin marile sale calităţi sufleteşti, şi Arhiepiscopul şi Mitropolitul Bartolomeu (1993-201), marele ierarh, tălmăcitor al Biblei, ctitor al Mitropoliei Clujului, cărturar şi scriitor, dramaturg şi poet.
În imediata vecinătate a primei săli muzeale se află necropola ierarhilor, un spaţiu amenajat sub absida altarului catedralei, ca o capelă, în care se află mormintele Episcopului Nicolae Ivan, Arhiepiscopului Teofil Herineanu şi Mitropolitului Bartolomeu.
În pandant cu zona dedicată ierarhilor, prima sală cuprinde, de asemenea, un grupaj de splendide icoane datând din secolele XVII-XVIII, datorate unor pictori activi în Transilvania, acestea ilustrând o vie circulaţie a cărţii religioase în toate provinciile româneşti.
Spaţiul generos de sub pronaosul Catedralei, incluzând în zona centrală o amplă sală, înconjurată de mai multe săli şi coridoare, creează o ambianţă de mister şi evlavie, evocând lumea mânăstirească, pe cea a catacombelor paleocreştine sau a bisericilor subterane.
Sala centrală de sub pronaos cuprinde numeroase vestigii, în original sau în reproducere fotografică, evocând pagini de istorie religioasă, privind vechea Episcopie a Vadului, iar câteva preţioase vestigii se referă la Arhiepiscopia şi Mitropolia de la Feleac.
La loc de cinste se află icoana Maica Domnului cu Pruncul, provenind din biserica satului Ilişua (jud. Bistriţa Năsăud), pictată în anul 1673 de Luca din Iclod, autorul celebrei icoane miraculoase de la Mânăstirea Nicula. Două săli sunt dedicate icoanelor pe sticlă, multe dinte ele ilustrând diferite faze ale celui mai vechi centru transilvănean de pictură pe sticlă de la Mânăstirea Nicula. În muzeu, este adăpostită una din colecţiile cele mai bogate din România de icoane pictate pe sticlă la Nicula, datate în secolul XVIII.
Catedrala Ortodoxă, realizare de excepţie a arhitecturii interbelice româneşti, împreună cu Muzeul Mitropoliei Clujului sunt obiective culturale şi religioase de o importanţă majoră pentru cei ce vizitează oraşul de pe Someş. Muzeul este comoara de artă şi istorie românească de sub catedrală, care merită văzută şi admirată de clujeni, de cei ce studiază la Cluj, de călătorii români şi străini.
Muzeul Ortodox din Cluj-Napoca organizează periodic expoziții temporare și evenimente culturale, contribuind astfel la promovarea patrimoniului cultural și religios al României. În cadrul acestor evenimente, vizitatorii pot participa la conferințe, lansări de carte și ateliere educaționale, toate având scopul de a aduce mai aproape publicul de valorile ortodoxiei românești.
Un alt aspect remarcabil al muzeului este dedicarea sa pentru conservarea și restaurarea obiectelor de patrimoniu. Specialiștii muzeului colaborează cu experți internaționali pentru a asigura păstrarea în condiții optime a colecțiilor, asigurând astfel transmiterea acestora către generațiile viitoare.
