Reformarea Bisericii Catolice se produce după ce, la începutul secolului al XVI-lea, încep să se răspândească ideile protestante ale lui Luther în Germania, ale lui Jean Calvin în Franța si ale lui Zwingler în Elveția. Conducătorii Bisericii nu acordă foarte mare atenție ideilor eretice și nu consideră că trebuie luate măsuri împotriva lor. Acestea câștigă atât de repede teren tocmai din cauza poziției Bisericii de la Roma în acea perioadă.
Instituția Bisericii se transformase încă de mult timp într-o putere politică și militară mai degrabă decât într-una care îi lega pe oameni de Dumnezeu. Curtea Papală era văzută ca un loc al desfrâului și al uneltirilor, iar practicile acesteia cum erau simonia (vânzarea de bunuri spirituale) sau comendele (privilegii oferite clerului), stârneau revolta oamenilor.
Contrareforma sau Reforma Bisericii Catolice (pentru că ea nu este doar o reacție împotriva protestanților, ci și o încercare a catolicilor de a reforma instituția Bisericii din interior) este împărțită, în general, în două perioade: pre-reforma, când încă se dorea readucerea protestanților sub autoritatea papală (până la Conciliul de la Trento) și perioada de după 1545 când ruptura între cele două confesiuni este deja acceptată.
Pre-reforma s-a caracterizat prin crearea unor ordine călugărești noi, care aveau scopul de a înființa colegii teologice menite să consolideze autoritatea Bisericii și de a-i educa pe credincioși în spiritul acesteia. Principalele metode utilizate de călugări erau predica, spovedania și mesianismul (misiunile de creștinare a altor zone).
În această perioadă s-au pus bazele unor ordine călugărești cum sunt Capucinii sau Iezuiții. Cei din urmă vor avea o puternică influență în lupta contra protestanților, reușind să restabilească autoritatea Bisericii catolice în unele orașe din Sfântul Imperiu German ca Munchen, Köln, Viena, Graz sau Innsbruck. Tot prin intermediul ordinelor călugărești se lansează campanii misionare pe tot mapamondul pentru creștinarea zonelor îndepărtate ca Asia, China sau America de Sud.
În anii următori, conducătorii Bisericii se vor ocupa activ de schimbarea structurilor din cadrul acesteia, de simplificarea lor și de creșterea eficacității acestora. Sunt înființate numeroase Colegii mai ales în zonele atinse de ideile protestante, care aveau scopul de a-i reîntoarce pe oameni la catolicism.
Începerea propriu-zisă a reformării Bisericii a avut loc în timpul Papei Paul al III-lea, care propune pentru prima dată organizarea unui sinod. Acest sinod, care se va numi Conciliul de la Trento, se va reuni pentru prima dată zece ani mai târziu de la propunerea lui, în anul 1545, pentru a discuta bazele teologice ale catolicismului și pentru a respinge ereziile protestanților, prin reafirmarea dogmei catolice.
Conciliul de la Trento se va reuni de 25 de ori în următorii zece ani. La el iau parte numeroși teologi, episcopi și ambasadori. Scopul principal al acestuia este de a reuni Biserica Catolică și de a respinge ereziile protestanților prin reafirmarea dogmelor tradiționale.
Astfel, la sfârșitul celor 18 ani de Conciliu (acesta ia sfârșit în anul 1563) se hotărăsc următoarele în ceea ce privește ideile lui Luther:
- credința nu este suficientă pentru a mântui sufletul; contrar a ceea ce susține dogma protestantă, pentru salvarea sufletului este necesară reafirmarea dogmei mântuirii prin penitență și fapte bune;
- se va păstra practica indulgențelor (oferite de către Biserică credincioșilor în schimbul sumelor de bani primite în scopuri caritabile);
- s-a reafirmat necesitatea existenței unor norme legate de arta religioasă. Protestanții considerau că arta religioasă trebuie interzisă în interiorul lăcașelor de cult, de aceea bisericile protestante nu sunt pictate și sunt sărace în monumete artistice. În cadrul Conciliului s-a exprimat necesitatea existenței imaginilor cu caracter religios, ca sprijin pentru întemeierea unei legături între credincioși și Dumnezeu prin intermediul emoțiilor stârnite de artă. De aceea, stilul Baroc va avea o dezvoltare atât de mare în secolul următor;
- se iau măsuri și împotriva corupției clerului: se reduc taxele, se condamnă nepotismul și cumulul de funcții ecleziastice, se menține celibatul preoților și se pune accent pe profilul moral al slujitorilor bisericii.
- conciliul se ocupă și de scrierile vremii. Recunoaște drept singura traducere autentică a Bibliei pe cea a Sfântului Ieronim din secolul al V-lea (Vulgata). Nu interzice traducerea Bibliei în limbile vorbite, dar dă permisiunea numai membrilor clerului de a interpreta textul Sfântei Scripturi și alcătuiește un Index al cărților interzise, atât din domeniul religios, cât și din alte domenii (Index librorum prohibitorum). Printre operele interzise pe lista Indexului se aflau și cele ale unor scriitori ca Giovanni Boccaccio, Dante Alighieri și Erasmus din Rotterdam.
- în ceea ce privește cele șapte Taine, reduse la protestanți doar la două, necesitatea acestora este menținută.
Cu toate că activitatea Conciliului fusese gândită ca o dezbatere între catolici și protestanți, cei din urmă nu au luat parte la discuții.
Tot în această perioadă izbucnesc războaiele religioase. Războiul de 30 de ani (1618-1648), împărțit în mai multe faze și care va angrena pe rând statele europene (Germania, Austria, Boemia, Spania, Franța, Suedia, Danemarca, Olanda, Polonia, Italia) se va solda cu aproximativ 7 milioane de morți. Conflictul se va încheia cu pacea de la Westfalia care recunoaște religia protestantă ca religie oficială și va consacra principiul suveranității statului. Disputa dintre cele două facțiuni va continua și după încheierea păcii.
În ciuda reformelor masive adoptate de Biserică ele nu vor reuși să reunifice religia catolică și nici să readucă în sânul Bisericii statele pierdute. Dimpotrivă, reforma protestantă se va extinde și în unele state din Europa Răsăriteană și va oferi prilej unor state de a-și câștiga independența. Așa este cazul Suediei care proclamă Biserica Luterană ca fiind Biserică națională, desprinzându-se astfel de Danemarca catolică.
