Universidad de Alcala de Henares a fost fondata de Cardinalul Jimenez de Cisneros, la inceputul secolului al 16-lea. Aceasta universitate a servit drept model pentru universitatile din Europa si America. Orasul Alcala de Henares a fost primul oras din lume care a fost construit in mod special pentru a gazdui o universitate, acesta fiind orasul de la care a pornit conceptul orasului ideal numit Civitas Dei (Orasul lui Dumnezeu).
Valea raului Henares a fost locuita de oameni inca din perioada Neolitica. Pe aceasta locatie strategica, care se afla in centrul Peninsulei Iberice, a fost construit orasul roman numit Complutum. Aici, in anul 304 d.Hr. au fost martirizati copiii, deveniti sfinti, Justus si Pastor. In perioada dominatiei vizigotilor, aici s-a aflat Scaunul Episcopal, iar cand maurii au cucerit mare parte din Spania, aceasta locatia a devenit parte din Emiratul de Cordoba. Dupa ce a fost recapturat in anul 1118, teritoriul din Alcala a fost donat Arhiepiscopului din Toledo. Atunci orasul s-a extins, iar asezarea fortificata medievala a inceput sa ia alta forma, avand Palatul Arhiepiscopului in centru.
In partea de sud se afla cartierul crestin, cu biserica sa, in partea de est se afla cartierul evreiesc, iar in partea de nord se afla cartierul arab. La sfarsitul secolului al 15-lea, nucleul centrului urban s-a extins, odata cu constructia in afara zidurilor a Manastirii Franciscane a Sfantului Diego, in jurul careia s-a format o asezare. Dupa un atac din partea regelui Navarei, a fost construit un zid mai puternic, care inconjura si noile expansiuni ale orasului dinspre est si sud. Orasul Alcala a prosperat pana in anul 1496, cand evreii au fost exilati din Spania printr-un edict regal, odata cu plecarea acestora micsorandu-se si mare parte din activitatile comerciale.
Cardinalul Jimenez de Cisneros a fost cel care a fondat Universidad Alcala de Henares, care astazi se afla in inima orasului. Aceasta universitate a fost construita intre anii 1537 si 1553, de unul din marii maestri ai stilului arhitectural Plateresc, pe nume Rodrigo Gil de Hontanon. Din punct de vedere arhitectural, Universidad Alcala de Henares este remarcata pentru fatada sa, care simbolizeaza prin decoratiunile sale elaborate, o impletire a religiei crestine cu studiile si puterea imperiala din acele vremuri. Spre deosebire de alte universitati din Europa, Universidad Alcala de Henares nu s-a dezvoltat incetul cu incetul, adaptandu-se imprejurimilor orasului.
Inca de la inceput, acest oras a fost conceput de Cisneros ca o entitate de sine statatoare, care a acaparat un oras medieval partial abandonat, si l-a transformat intr-un oras a carui functie era numai aceea de institutie de invatamant. Acest lucru a implicat construirea unor case pentru a-i gazdui pe profesori si pe studenti, de asemenea au fost construite sisteme de canalizare si strazi pavate. In timp au fost adaugate si alte centre de invatamant, in total numarul colegiilor ajungand la 25, in timp ce 8 manastiri mari au fost de asemenea transformate in colegii ale Universitatii.
Universidad de Alcala de Henares avea drept obiectiv principal, instruirea administratorilor pentru Biserica si pentru Imperiul Spaniei. Biblia Poliglota Complutense reprezinta tipul de lucrare ce a inceput in Alcala. Aceasta capodopera a fost realizata in 10 ani si a stabilit bazele analizei lingvistice moderne, precum si structura acceptata pentru dictionare. Aceasta lucrare a fost sutinuta de cea a lui Antonio de Nebrija, autorul primei carti de gramatica a unei limbi romanice din Europa. Cartea sa a fost publicata in 1492 si a reprezentat modelul pentru carti similare din Europa si America.
Incepand cu jumatatea secolului al 17-lea numarul mare de stundenti, estimat la 12.000 in secolul al 16-lea, a inceput sa scada in favoarea orasului Madrid, unde Biserica incepuse sa construiasca colegii si manastiri asemanatoare celor din Alcala de Henares. In 1836 Universidad de Alcala de Henares a fost transferata la Madrid, unde supravietuieste si astazi sub numele de Universitatea Complutense din Madrid. Din aceasta cauza orasul Alcala de Henares s-a vazut privat de ratiunea existentei sale. Atat cladirile istorice ale Universitatii cat si restul cladirilor din oras, au fost conservate de locuitorii orasului. Intr-un act unic, Asociatia Coproprietarilor a cumparat majoritatea cladirilor Universitatii si le-a pastrat in mare parte neocupate, asteptand reintoarcerea Universitatii in oras. Alte cladiri au fost folosite in scopuri militare.
Orasul a inceput sa se extinda odata cu construirea caii ferate din 1856, insa nu s-a dezvoltat prea mult pana in anii 1960. Atunci a avut loc o imigrare masiva din alte parti ale Spaniei, in ceea ce se transforma intr-un centru industrial. Din fericire, aceasta dezvoltare neplanificata si necontrolata nu a afectat centrul istoric al orasului, inca detinut in mare parte de Asociatia Coproprietarilor, iar in anul 1968 a fost declarat Zona Istorica. In 1974, aceasta universitate a fondat o Scoala de Economie in Alcala, iar 3 ani mai tarziu a fost inaugurata actuala Universidad de Alcala de Henares. Incinta universitatii se intinde de la Piata Cervantes pana in partea estica a orasului medieval. In 1985 a fost semnat un acord, prin care cladirile militare aveau sa fie renovate si redate Univesitatii pentru a fi folosite in scopul initial, iar cele 7 cladiri cumparate de Asociatia Coproprietarilor au fost de asemenea redate Universitatii. Si alte cladiri istorice au fost cumparate si reintegrate in Universidad de Alcala de Henares, sau au fost transformate in cladiri culturale.
