Odată cu înfrângerea maghiarilor la Mohacs (1526) şi destrămarea regatului ungar după crearea paşalâcului de la Buda (1541), situaţia Transilvaniei s-a schimbat. Datorită poziţiei geopolitice, conducerea ardeleană a reuşit să creeze un statut important al provinciei intracarpatice în cadrul sistemului de state vasale ale Imperiului Otoman. De asemenea, pentru trasarea diferenţei faţă de fosta provincie a regatului maghiar, ce purta numele de voievodat, s-a apelat la o denumire nouă, şi anume cea de principat.
Între anii 1541 şi 1688 a avut loc o perioadă de tranziţie, în care guvernarea duplicitară a lui Martinuzzi (1541-1551) şi cea a lui Ferdinand (1551-1556), dar şi conflictul dintre habsburgi şi nobilimea din Transilvania (ultima susţinându-l pe Ioan Sigismund pentru preluarea conducerii), au dus la intervenţia armată a Porţii, care l-a numit pe cel susţinut de ardeleni principe. Astfel, din 1556, se poate vorbi propriu-zis de Principatul Transilvaniei, aflat sub suzeranitate otomană.
Statutul principatului, în cadrul sistemului de state vasale ale Imperiului Otoman, era acela de „dar-ul-ahd”, ce presupunea o autonomie faţă de Poartă (dreptul Stărilor de a-şi alege principele, guvernare liberă şi libertatea confesională). Legătura dintre sultan şi principe era realizată prin intermediul unor cărţi de legământ, ahdname, ce cuprindeau principalele îndatoriri ale celor două părţi: protecţia imperială în schimbul plăţii haraciului de 10000 de florini (mai târziu de 15000), a punerii la dispoziţie de corpuri de oaste şi informaţii, în caz de război; de asemenea, exista şi o prevedere specială prin care se interzicea principelui să nu acorde azil domnilor şi boierilor din Moldova şi Ţara Românească.
Tot în această perioadă se definitivează şi principalele instituţii ale Principatului Transilvaniei: cea a Principelui, Consiliul Princiar şi Dieta. Principele a reprezentat cea mai importantă dintre aceste instituţii. La începutul Principatelor, datorită luptei pentru teritoriile fostului Regat Ungar, conducătorul Transilvaniei purta şi titlul de „rege al Ungariei” (Ioan Sigismund).
În această perioadă tulbure au existat şi voievozi, ca locţiitori ai principelui (de exemplu Cristofor Bathory, pus de fratele său Ştefan, ce ajunsese rege al Poloniei). Totuşi titulatura oficială va rămâne cea de „principe al Transilvaniei şi al părţilor Ungariei”, primul care a purtat acest nume fiind Ioan Sigismund Zapolya. Otomanii foloseau denumiri ca cele de hakîm şi fejedelem, ce desemnau pe cel de principe, dar şi titlul de kîral (rege), prin care se exprima preeminenţa sultanului, prin intermediul vasalului său (principele), la dreptul de a controla teritoriile fostului regat maghiar.
În urma revenirii la tron a lui Ioan Sigismund în 1556, acesta, împreună cu mama sa, Isabella, au ajuns la un consens cu Stările privilegiate ardelene în privinţa modului de alegere al principelui: astfel, el era ales de Dietă, iar în cadrul ceremonialului de „inaugurare”, Stările jurau credinţă principelui, iar acesta le trimitea o scrisoare de credinţă. De asemenea, sultanul recunoştea dreptul Dietei de a alege pe principe (libera electio), însă trebuiau respectate următoarele condiţii: aceştia trebuiau confirmaţi de Poartă şi trebuiau aleşi din cadrul familiei Zapolya (mai târziu din cadrul marii nobilimi ardelene).
Ceremonialul încoronării principelui avea loc în Catedrala Sf. Mihail din Alba-Iulia şi începea cu citirea actului de recunoaştere a numirii principelui din partea sultanului, act ce purta numele de berat sau hatt-i-şerif. Urma mesajul Dietei, ce reamintea obligaţiile faţă de Poartă, iar trimisul Sultanului aşeza o pălărie turcească de paradă (fasurla) pe capul principelui, care, după ce săruta mâna dregătorului otoman, se aşeza pe tron. Toate acestea se întâmplau în timp ce delegaţia otomană recita un verset din Coran.
A doua zi era convocată Dieta, ai cărei membri depuneau jurământul de credinţă, urmând ca apoi trimisul turc să acorde principelui diploma de învestitură, însemnele puterii (steagul de domnie şi sceptrul) şi cadourile (coif cu pene albe de egretă, caftan cu brâu cu pietre preţioase, un buzdugan, o sabie, un cal alb etc.). Ca mulţumire, principele rostea o rugăciune pentru sultan şi promitea respectarea îndatoririlor către poartă, pentru ca, apoi, să se retragă în sala tronurilor, pentru a primi omagiul şi darurile supuşilor.
Faptul că Transilvania a avut un statut special pentru Imperiul Otoman reiese şi din prerogativele pe care le avea principele transilvănean. Pe plan extern, el era cel care putea declara război, încheia pacea şi tratatele diplomatice cu alte state, trimitea şi primea ambasadori. Aceste aspecte confereau o libertate foarte mare statului transilvănean, chiar dacă trebuia, de cele mai multe ori, să respecte politica otomană. Pe plan intern, principele reprezenta puterea legiferatoare, având dreptul de a convoca Dieta şi propune legi, dar şi taxe. Era comandantul suprem al armatei, conducătorul Bisericii (de obicei cea calvină), instanţa supremă de judecată şi cel care lua jurămintele funcţionarilor statului.
În conducerea statului, principele era ajutat de un consiliu princiar, ai cărui număr de membri a fost, la început, de 22, apoi de 12. Aceştia erau aleşi de Dietă şi întăriţi de principe, căruia îi depuneau un jurământ de supunere. Membrii acestui consiliu făceau parte din elita nobiliară a Transilvaniei şi aveau următoarele funcţii: prefectul curţii, spătarul, cancelarul, tezaurarul, stolnicul, palatinul etc.
Altă instituţie importantă a Principatului a fost Dieta. Aceasta era formată din aproximativ 150 de membri, reprezentanţi ai celor trei naţiuni recunoscute (nobilimea maghiară, saşii şi secuii), ai celor patru religii recepte (catolică, luterană, calvină şi unitariană), ai „scaunului guvernamental” (membri ai consiliului, înalţi prelaţi), ai unor cetăţi şi oraşe. Aceşti membri erau aleşi de nobilii din comitate (comitele, plus câte doi nobili de comitat), de adunările scaunelor secuieşti şi săseşti (câte doi reprezentanţi de scaun), de orăşeni şi târgoveţi. Era, cum s-a văzut, convocată doar de principe, de obicei de Sf. Gheorghe, iar cel mai important drept era acela de „libera electio” a principelui (până în 1658, când sultanul începe să numească singur). Atribuţiile sale erau de ordin legislativ, juridic şi administrativ. Veghea asupra respectării „constituţiilor” ţării şi era convocată în sesiuni special în cazuri judiciare. De asemenea, veghea asupra angajamentelor externe ale principelui.
Crearea Principatului Transilvaniei şi instituţiilor sale aferente au dus la apariţia unui stat puternic în Europa Centrală şi de Sud-Est, care va permite o implicare activă în relaţiile internaţionale ale vremii (Războiul de treizeci de ani, războaiele nordice), dar, totuşi, implicarea tot mai activă a Porţii în afacerile interne, în a doua jumătate a secolului al XVII-lea, a permis, în cele din urmă, intrarea Transilvaniei sub suzeranitatea habsburgică.