În perioada preistorică fiecare comunitate de oameni ce se afla pe valea Nilului își dezvoltase propriul dumnezeu sau dumnezei, mulți dintre aceștia având legătură cu animalele. Pe parcurs ce Egiptul devenea mai unificat, sub conducerea faraonilor care la rândul lor erau văzuți ca ființe divine, apare un întreg panteon ce se află într-o relație relativ bună.
Faraonul era considerat marele preot al întregii națiuni. În fiecare templu existau preoți locali care țineau locul faraonului. Sarcina lor, la fel ca în fiecare religie timpurie, era de a satisface nevoile zeilor. Aceștia se aflau în cele mai ascunse colțuri ale tempulului, în locuri inaccesibile pentru oamenii de rând. Conform tradiției, preoții erau cei care îi vizitau în mod regulat, îi dezbrăcau, îi spălau, îi ungeau cu uleiuri scumpe iar apoi îi îmbrăcau la loc.
Cele două atribuții principale, atât ale preoților, cât și ale zeilor, erau de protecție împotriva haosului (trebuiau să se asigure în mod deosebit că soarele avea să se ridice în fiecare dimineață) și de a-i ajuta pe cei morți în lumea de dincolo, pe care egiptenii o considerau a fi la fel de plăcută ca aceasta și remarcabil de similară.
La fel ca și pe pământ, bărbații sau femeile ce proveneau din medii avute ar fi avut nevoie de servitori și bunuri de uz comun pentru a le putea fi asigurată o existență confortabilă. De multe ori în mormintele acestor persoane ar fi fost adăugate multe bunuri ce le-ar fi fost de folos pe cealaltă lume.
Apariția în picturile de pe morminte i-a făcut pe mai mulți zei mai cunoscuți ca alții. De exemplu, Anubis, zeul cu cap de șacal care îi conducea pe cei morți prin încercările lor, Toth, zeul cu cap de ibis considerat a fi scribul zeilor, Horus, zeul cu cap de șoim ce era considerat zeitatea cerului și a luminii, Seth, rivalul lui Horus, recunoscut prin botul său ascuțit și misterios, Osiris, ce purta un coif alb înalt care reprezenta ideea de înviere pe lumea cealaltă, fiind zeul morților și nu în ultimul rând soția sa, Isis.
Divinitatea centrală a religiei egiptene era Soarele și chiar din cele mai timpurii perioade cel mai important zeul al soarelui a fost Ra. Se credea că acesta naviga cu barca sa în lumea cealaltă în fiecare noapte. În timpul călătoriei sale, el trebuia de fiecare dată să îl învingă pe duhul cel rău Apophis, înainte să poată reapărea.
La Teba, care devine capitală în aproximativ 2000 Î.Hr., un alt zeu are o foarte mare importanță, acesta fiind Amun. În anul 1500 Î.Hr., Amun se unește cu Ra și devin Amun-Ra, care la rândul său devine din acel moment zeul întregului Egipt și este identificat cu faraonul. Cele două mari temple de la Luxor și Karnak îi sunt dedicate lui Amun-Ra.
Pentru o perioadă scurtă de timp, Amun este mutat din poziția sa centrală în cadrul panteonului egiptean. La scurt timp după ce Amenhotep al IV-lea urcă pe tron, în aproximativ 1353 Î.Hr., el își schimbă numele din Amenhotep care însemna „Amun este mulțumit” în Akhenaton, care însemna „benefic pentru Aton”. Această schimbare a însemnat că acum noul zeu al întregului Egipt era Aton, discul soarelui. Aceasta a marcat prima religie monoteistă din lume.
Șase ani mai târziu, Akhenaton mută capitala de la Teba într-un oraș cu totul nou, undeva la câteva sute de kilometri de Nil, la Amarna. Acolo, un mare templu dedicat lui Aton era piesa centrală. În același timp, faraonul încearcă să șteargă numele lui Amun de pe toate inscripțiile. Aton trebuia să fie singurul zeu al Egiptului. Această schimbare avea să stârnească ura majorității preoților, ce îi considerau un eretic.
Insistența că nu exista nici un alt zeu în afară de Aton a reprezentat un prim pas în direcția monoteismului, acesta fiind motivul pentru care istoricii occidentali îi acordă o mare atenție lui Akhenaton. În perspectiva egipteană, Akhenaton apare ca fiind puțin important prin comparație cu alţi faraoni. În doar câțiva ani după moartea sa, în 1336 Î.Hr., vechea religie a fost restaurată, capitala este mutată înapoi la Teba iar Amarna este distrusă și dată uitării.
Din nou, schimbarea este simbolizată printr-o schimbare de nume. Akhenaton este urmat de doi băieți care se căsătoresc cu fetele sale pentru a da legitimitate noii conduceri. Cel de-al doilea băiat se numea Tutankhaten. După restaurarea cultului lui Amun, numele noului faraon se schimbă în Tutankhamon.
După ce scurta perioadă de glorie a lui Aton ia sfârșit, Amun sau Amun-Ra își reia locul de zeitate principală a egiptenilor, poziție pe care o va păstra atât timp cât Teba va supraviețui.
Distrugerea Tebei de către asirieni în secolul al VII-lea Î.Hr. reduce statutul lui Amun. Cu toate acestea, atunci când Alexandru cel Mare dorește să primească o aură de divinitate egipteană, acesta face un pelerinaj la un altar al lui Amun în secolul al IV-lea Î.Hr. Abia atunci când creștinismul devine religie acceptată în Egipt, cultul lui Amun și al celorlalți zei ajunge la un sfârșit definitiv.
