Cetatea Aiudului datează din sec. al XVI-lea şi adăposteşte în una dintre construcţiile sale, Muzeul de Istorie din Aiud, al cărui patrimoniu a fost alcătuit din colecţiile Colegiului Naţional Bethlen Gabor, încă de la sfârşitul sec. al XVIII-lea.
Expoziţia prezentată de-a lungul a patru săli este organizată tematic astfel: perioada daco-romană medievală, epoca fierului, epoca pietrei şi bronzului, sala lapidar şi expoziţii temporare.
Cea mai importantă parte a expoziţiei cuprinde numeroase obiecte din bronz, ce demonstrează milenara tradiţie a prelucrării acestui metal: oale, săpăligi, târnăcoape, străpungătoare, fragmente de sabie, apărători de braţ, topoare, vârfuri de lance, diferite vase şi altele.
Din grupul celor mai interesante piese descoperite în urma săpăturilor arheologice făcute în împrejurimile Aiudului, se disting elementele scitice pătrunse şi în această zonă a Transilvaniei, ca de exemplu: podoabe, arme, unelte. Dintre exponatele ce amintesc de populaţia migratoare celtică, fac parte: piese de harnaşament, urne celtice, diferite podoabe.
Numeroase vestigii amintesc de culturi neolitice: Decea Mureşului, Petreşti sau Turdaş. Cultura Basarabi este reprezentată la muzeu prin numeroase vase ceramice, obiecte şi fragmente de obiecte din fier. Perioada protodacică este exprimată prin: vase, pive de zdrobit minereu, unelte de fier şi arme.
Este urmărită persistența elementelor dacice în convieţuire cu cele romane, subliniindu-se, în special, amplificarea manifestărilor vieţii materiale şi spirituale de factură romanică. Inscripţii, antichităţi romane, elemente de construcţie, multe sculpturi subliniază efectele şi amploarea vieţii romane în această zonă. În Sala Lapidar, sunt expuse monumente epigrafice şi sculpturale din perioada daco-romană: statui, altare, lei funerari.
Muzeul de Istorie din Aiud impresionează prin colecţia numismatică, care constituie singură o expoziţie mică de profil alcătuită din mii de monede.
Aiudul a reprezentat un focar al marilor răscoale ce au zguduit Transilvania în perioada feudală. Astfel, acest oraş păstrează în muzeul său mărturii ale jertfelor răsculaţilor de la Bobâlna, din anii 1437-1438, sau ale celor care au luptat în Răscoala lui Horia, Cloşca şi Crişan, din anul 1784.
O parte din materialele dacice care au fost decoperite în zona Aiud au ajuns la muzee din alte oraşe, precum sunt: Muzeul ardelean din Cluj-Napoca (monede de argint dacice, vase, un colier din argint) sau la Muzeul Naţional din Budapesta (obiecte de podoabă, brăţări şi coliere, monede de argint).
În Sala de expoziţii temporare, Muzeul de Istorie din Aiud găzduieşte alte expoziţii, multe dintre ele de artă, organizate în colaborare cu instituţii de cultură din ţară sau străinătate.
Muzeul nu este doar un depozit de relicve, ci și un centru activ de educație și cercetare. Prin expozițiile sale interactive, muzeul își propune să educe publicul despre importanța conservării patrimoniului cultural și istoric, atrăgând școli și grupuri organizate.
O curiozitate locală este legată de pivnițele muzeului, despre care se spune că ar fi fost folosite ca locuri de refugiu pe timp de asediu sau ca închisori temporare în timpul revoltelelor locale. Acestea sunt acum deschise publicului, oferind o perspectivă unică asupra aspectelor mai întunecate ale istoriei Aiudului.
Anual, Muzeul de Istorie din Aiud organizează diverse evenimente culturale, cum ar fi expoziții tematice temporare, conferințe istorice și ateliere de restaurare, toate menite să aducă mai aproape comunitatea de bogăția și diversitatea istorică a zonei.