Se crede ca Itsukushima-jinja din Japonia a fost fondat in anul 593, desi existenta sa este confirmata abia in anul 811. Textele istorice Nihon Koki spun ca zeul Itsukushima si-a luat locul printre zeii slaviti, iar familia imperiala a inceput sa aduca la altarul zeului, niste toiege care aveau in varf hartie taiata. In perioada Heian (intre 794 si 1184), acest altar a devenit cunoscut drept altarul sacru din districtul Aki.
Nu se stie data exacta la care a fost construit Itsukushima-jinja din Japonia, insa in anul 1168, a fost inregistrat un raport al preotului sintoist Saeki Kegehiro, in care acesta spunea ca reconstruise cladirile principale ale altarului. In timpul acestor lucrari, marimea cladirilor a crescut, iar acoperisul unora dintre ele a fost schimbat (sindrilele au fost inlocuite cu coaja de chiparos japonez).
Aceste lucrari de reconstructie au fost cel mai probabil finantate de Taira no Kiyomori, cel mai puternic conducator la acea vreme. Acesta a stabilit atunci standardele pentru reconstructiile ulterioare, atat ca marime cat si ca elemente componente. Kiyomori credea ca isi datoreaza atat succesul avut in razboaiele civile din Hogen si Heiji, cat si puterea sa politica, credintei sale religioase in Itsukushima-jinja. Credinta sa ca zeul Itsukushima era zeul protector al familiei Heike, i-a accentuat venerarea altarului, acesta inchinandu-se la Itsukushima-jinja din Japonia la fiecare ocazie importanta din viata sa.
Principalele cladiri reconstruite ale altarului au fost distruse de un incendiu in anul 1207, in perioada Kamakwa (intre 1185 si 1332), si au fost reconstruite 8 ani mai tarziu, numai ca sa fie distruse intr-un nou incendiu in anul 1223. De data aceasta lucrarile de reconstructie au durat mai mul, fiind incheiate abia in anul 1241. Majoritatea cladirilor altarului dateaza din acea perioada. Incepand cu acel moment, reconstructia totala a complexului a devenit o sarcina prea mare, de aceea cladirile au inceput sa fie reconstruite individual. In timpul perioadei Kamakwa, Itsukushima-jinja din Japonia s-a aflat sub patronajul guvernului feudal, insa in perioada Muromachi (intre anii 1333 si 1572) aceasta situatie a luat sfarsit.
Intrucat Itsukushima-jinja din Japonia fusese construit langa mare, acesta a avut destul de mult de suferit datorita vantului si inundatiilor, insa de fiecare data a fost restaurat cu sprijinul unor persoane influente la nivel national si local. Portile mari ale altarului, numite Otorii, amplasate in mare, erau deosebit de vulnerabile si de aceea erau reconstruite frecvent, ultima reconstructie a lor datand din 1875. De asemenea, de-a lungul anilor, au fost adaugate cladiri noi, care au creat ansamblul prezent: pagoda cu 5 etaje construita in 1407 (Gojunoto); pagoda cu 2 etaje construita in 1523 (Tahoto); Sessha Tenjin-sha Honden construit in 1556 si Massha Hokoku-jinja Honden in 1587.
Cladirile care compun Itsukushima-jinja din Japonia se incadreaza in traditia generala a arhitecturii sintoiste. Acestea au pastrat stilurile predominante in secolele 12 si 13, si reprezinta exemple importante ale stilului arhitectural vechi integrat in peisajul inconjurator, manifestarea fizica a venerarii naturii de catre om. Complexul consta in cladirile principale ale altarului, numite Honsha, construite si compuse pentru a obtine armonie in cadrul unui concept de design unic, si celelalte cladiri care au fost adaugate pe parcurs. Fiecare cladire in sine are o valoarea arhitecturala imensa.
Stilul arhitectural al cladirilor Honsha din partea de nord si al cladirilor Sessha Marodo-jinja din vest, care sunt conectate intre ele printr-un coridor acoperit, a fost influentat de stilul aristocratic al locuintelor din perioada Heian. Vederea frontala a cladirilor, cu muntele pe fundal, este accentuata, iar intreaga zona (de la Otorii pana la munte) se aseamana cu o serie de paravane pliante. Formele delicate ale cladirilor pictate in rosu, in fata verdelui inchis al muntelui, creeaza o compozitie izbitoare, cu contraste puternice de masa si culoare.
Ca multe alte temple sintoiste, in care se afla cladiri budiste, si Itsukushima-jinja a pierdut multe dintre acele cladiri odata cu respingerea budismului in timpul perioadei Meiji din 1868. Cele cateva cladiri care supravietuiesc in dealurile dimprejur, sunt considerate a fi la fel de indispensabile in istoria altarului Itsukushima-jinja, ca monumentele sale sintoiste. Cladirile Honsha constau in: Haraiden, Haiden (sala de cult), Heiden si Honden (sala principala), si se afla pe axa portilor principale (Otorii).
Haraiden este proiectata spre mare, iar Haiden si Honden (legate intre ele de Heiden) au un singur acoperis. Acestea sunt sprijinite pe cadre structurale, compuse din coloane masive din lemn si console (kumimono). In fata cladirii Haraiden se afla platforma ceremoniala (Hirabutai), care este conectata printr-o podea din scanduri, de coridorul estic (Higashi-kairo) si de coridorul vestic (Nishi-kairo). Dansurile care aveau loc pe aceasta platforma au fost aduse din capitala in perioada Heian, si au fost pastrate de preotii de la Itsukushima-jinja din Japonia timp de 8 secole.
Complexul Sessha Marodo-jinja, care se afla la nord-est de cladirile Honsha, este indreptat cu fata spre vest. Componentele sale (Haraiden, Haiden, Heiden si Honden) sunt asezate in aceeasi maniera ca in cazul complexului Honsha, iar stilul lor este similar. Zona cuprinde cladirile auxiliare asociate cu sintoismul si budismul, care s-au adunat de-a lungul secolelor imprejurul faimosului altar sintoist. Pastrarea puritatii acestui altar este atat de importanta incat, incepand cu anul 1878, nu au fost permise decesele si nasterile in apropierea sa. Chiar si astazi, femeile insarcinate sunt nevoite sa se retraga pe continent, pe masura ce se apropie de ziua in care vor naste, iar cei grav bolnavi si cei foarte batrani de asemenea sunt nevoiti sa se mute pe continent, pentru a nu muri in preajma altarului. Chiar si inmormantarile sunt interzise pe insula. Pe 5 septembrie 2004, altarul a fost grav avariat de taifunul Songda. Atunci pasarelele si acoperisurile au fost partial distruse, iar altarul a fost inchis temporar pentru reparatii.
