Actul de înființare a liceului datează din 15 iunie 1919. La 1 august 1919, încep prenotările elevilor, în 2 octombrie are loc primul consiliu profesoral, iar în 5 octombrie se face inaugurarea solemnă a anului școlar, an purtător de semnificație istorică.
Între anii 1920–1923, liceul parcurge o perioadă de tranziție, perioadă în care se trece la tipul de organizare a școlilor din România veche, prin înlocuirea programei maghiare din 1883 cu cea a lui Spiru Haret și în paralel prin înlocuirea limbii de predare maghiară cu cea română.
Din 1923 până în 1939, liceul „E. Gojdu“ se înscrie în seria metamorfozelor pe care le-a străbătut tot învățământul liceal din România, remarcându-se prin activitatea desfășurată de către profesorii școlii. Aceștia și-au dat seama că în acest oraș cu o cultură preponderent maghiară în acea perioadă, cu numeroase școli medii străine, românii așteaptă întărirea culturii noastre atât de oropsită și de oprimată în trecut.
Corpul profesoral s-a achitat cu cinste de această minune, fiind un animator al vieții culturale locale, fapt pentru care liceul și-a câștigat un frumos renume între liceele românesti din Transilvania și din țară.
Este demn de reținut că prima revistă școlară orădeană „Sf. Gheorghe“ a fost cea a liceului „Emanuil Gojdu“ și în care, după cum spune prof. Cornel Moga, elevii vor scrie multe chestiuni de ordin moral-național, cultural, istoric, geografic. Dar cea mai prestigioasă publicație a liceului a fost și va rămâne revista „Țara visurilor noastre“, primul număr al acesteia apărând la 1 decembrie 1937.
În urma Dictatului de la Viena, Oradea trecând sub ocupație maghiară, liceul a devenit secție română a liceului maghiar din Oradea. Prin exodul populației române, în special al tineretului școlar, cât și prin expulzarea practicată de autoritatea maghiară, efectivul de elevi și profesori a fost foarte redus în aceasta perioadă, existența școlii române plutind între a fi și a nu fi.
Eliberarea Oradei la 12 octombrie 1944 atrage reînființarea liceului românesc sub denumirea de „Liceul român de stat“, acțiunea de refacere a liceului de pe malul Crișului Repede începând chiar înainte de a se reinstala administrația statului român. De la 1 septembrie 1945 liceul își reia vechea denumire.
În anii 1950, era numit Liceul Real de Stat nr. 1 Oradea. Cursurile liceale începeau din clasa a 8-a și durau trei ani, absolvirea fiind în clasa a zecea. Denumirea a fost schimbată și reatribuită în 6 septembrie 1970.
Astăzi, Colegiul Național „Emanuil Gojdu“ are un număr de 1000 elevi, cuprinși în invățămantul liceal și gimnazial.
În prezent, Colegiul continuă să fie un centru de excelență în educație, promovând un curriculum modernizat și adaptat la nevoile secolului XXI, fără a neglija tradiția și valorile care l-au definit de-a lungul timpului.
Aniversările importante, cum ar fi centenarul din 2019, sunt marcate printr-o serie de evenimente care celebrează patrimoniul și contribuția Colegiului la societatea românească, consolidând legătura între trecutul glorios și viitorul promițător.
