Indienii nativi numisera aceasta insula “Kioshk” sau “insula Pescarusului”. De-a lungul anilor, insula a avut mai multe nume, pana in secolul al 18-lea, cand i-a ramas numele de Ellis, dupa proprietarul sau de-atunci Samuel Ellis. Inainte de 1890, fiecare stat avea propriile reguli in ceea ce privea imigrarea. Mai apoi, guvernul federal si-a asumat aceasta responsabilitate. Insula Ellis a devenit prima statie de imigrare, incepand cu anul 1892. Pana in 1925, pe aici au trecut aproximativ 3 sferturi din numarul total de imigranti in America. Pentru acesti oameni, insula Ellis a reprezentat prima experienta americana.
Initial, insula Ellis avea dimensiunea de numai 12 140 de metri patrati, si abia ramanea deasupra nivelului apei in timpul mareei inalte. Incepand cu anii 1700 incepusera sa fie construite fortificatii pentru a apara portul insulei in caz de razboi. Aceste fortificatii au fost terminate abia in anul 1808, cand guvernul a cumparat insula. In timpul razboiului din 1812, pe insula se aflau un acumulator, o camera de munitie si o cazarma. Complexul s-a numit Fortul Gibson, in onoarea unui soldat care a fost ucis in acel razboi.
Fortul Gibson a servit mai multor scopuri in perioada de la inceputul anilor 1800, printre care si loc unde erau executati piratii. Pentru o perioada, atat armata cat si marina au incercat sa foloseasca insula Ellis drept avanpost in acelasi timp, insa dupa Razboiul Civil, aceasta a fost folosita numai de armata pentru a depozita munitia. Atunci ziarele “Harper’s Weekly” si “New York Sun” au facut o campanie pentru a determina indepartarea munitiei de pe insula, intrucat aceasta reprezenta un pericol pentru comunitatile din zona. Munitia a fost indepartata abia in 1890, cand insula a fost transformata in statie pentru imigranti.
Secretarul Trezoreriei, William Windom, a vrut sa construiasca o statie de imigrare separata. Acesta a decis ca cea mai buna locatie era insula Bedloe. Insa oamenii au protestat, intrucat pe aceasta insula tocmai fusese inaugurate Statuia Libertatii, iar multi erau de parere ca ar fi un sacrilegiu ca aceasta insula sa fie transformata in statie de imigrare. Astfel Windom a fost fortat sa gaseasca o noua locatie, si anume insula Ellis.
Aceasta insula a fost totusi problematica, intrucat apa era foarte putin adanca chiar si pentru barcile mici. Din cei 75 000 de dolari alocati pentru statie de catre Congres, Windom trebuia mai intai sa construiasca un canal potrivit pentru navigarea barcilor si, de asemenea, sa construiasca docurile. Pe insula s-a construit o cladire principala, pe langa cladirile spitalului, sala cazanelor, spalatorie si centrala electrica. De asemenea, au fost sapate puturi pentru aprovizionarea cu apa, care erau suplimentate de cisterne.
Noua cladire principala avea o zona pentru bagaje, capabila sa depoziteze si sa manevreze bagajele a peste 12 000 de oameni. De fapt intreaga statie fusese construita in asa fel incat sa poata acomoda in jur de 10 000 de imigranti pe zi. Statia a fost deschisa pe 1 ianuriae 1892. Primul imigrant care a intrat in statie a fost o fetita din Irlanda, careia Comisarul Weber i-a dat o moneda de aur de 10 dolari in cinstea ocaziei.
La inceput, imigrantii veneau in valuri enorme, in special din tarile din estul si sudul Europei. Spre sfarsitul anului 1892, numarul imigrantilor din Europa, in special datorita unei molimi de holera ce se banuia ca bantuia prin Europa. Cum primele cladiri ale statiei de imigrare fusesera construite din lemn, un incendiu devastator a distrus totul pe 14 iunie 1897. Acel incendiu a distrus si numeroase dosare de neinlocuit ale imigrantilor, odata cu acele cladiri, si de asemenea dosare care apartinusera fostului centru de imigrari, Castle Garden.
In 1909, pentru a reduce numarul imigrantilor si pentru a evita ca acestia sa devina o povara pentru cetatenii S.U.A., s-a dat o lege care cerea ca fiecare imigrant sa aiba cel putin 25 de dolari la el si un bilet de tren. Din pacate, aceasta suma era foarte mare pentru majoritatea imigrantilor. Intr-un caz, din cei 301 de pasageri de la clasa a doua, numai 86 de oameni indeplineau acele cerinte. Protestele impotriva acestei legi au fost atat de violente, incat legea a fost anulata imediat. Existau 3 diviziuni medicale in statia de imigrare.
O divizie verifica pasagerii atunci cand vasul lor intra in port, a doua divizie verifica pasagerii la spitalul de pe insula Ellis, iar a treia divizie verifica pasagerii pe masura ce treceau de procedurile de imigrare. Daca imigrantul trecea de examinarile medicale, acesta se ducea sa astepte la o coada pentru a raspunde la restul de intrebari necesare procesului de imigrare. Un inspector avea la dispozitie numai 2 minute pentru a decide daca sa acorde permisul de imigrare unei persoane, iar in perioada cea mai aglomerata se lucra de la 9 dimineata pana la 9 seara.
In 1965, presedintele Lyndon Johnson a declarat insula Ellis drept parte a Monumentului National al Statuii Libertatii. Incepand cu 1984, pe insula au fost facute renovari care au costat 160 de milioane de dolari, bani proveniti din donatii catre Fondul Statuii Libertatii. Cladirea principala de pe insula a fost deschisa publicului pe 10 septembrie 1990, drept Muzeu al Insulei Ellis. Astazi, acest muzeu este vizitat de aproximativ 2 milioane de turisti pe an.
